Volgende zaken in dit definitieve ontwerp van fase twee zijn wijzigingen ten opzichte van het eerdere concept:

• Het zuidwestelijke bastion met bewonersparking, het toegangsplein en -brug werden opnieuw ontworpen in functie van het optimaal reconstrueren van het fort naar historisch plan. Dit bevordert de beleving van Lillo als een fort. Er werd rekening gehouden met het maximaal behoud van de bestaande waardevolle bomen.
• De vormgeving van de overige te reconstrueren bastions werd verder verfijnd en meer in detail afgestemd op het historische plan.
• Het ontwerp van de jachthaven werd verder verbeterd:
  • de strekdam werd hoekiger gemaakt;
  • de breedte van de geul werd aangepast in functie van draaimogelijkheden voor boten;
  • er werd een plek voorzien voor een loods en multifunctioneel clubgebouw (ook voor andere verenigingen).
• De bezoekersparking langs de Scheldelaan zal maximaal onthard worden.
• De voetgangersweg rondom het fort werd vervolledigd.
• De bewonersparking in het tweede bastion werd ruimtelijk beter ingepast.
• Er wordt een ANPR-camerasysteem ingevoerd dat via nummerplaatherkenning ongewenst verkeer uit het fort weert.
• De onthaalplek op de dijk komende van DeWaterbus werd verfijnd. Er wordt een wachtlokaal voorzien.

Fort Lillo is een restant van de (voormalige) polderdorpen op de Rechterscheldeoever en wordt hersteld volgens het historisch plan uit 1815. De heropbouw past in het Masterplan Lillo. Met dit plan wil de stad het landschap, de beleving en de cultuurhistorie van het fort verbeteren voor bewoners en bezoekers. De werken starten midden 2022. 

Het Masterplan Lillo is een totaalvisie voor de toekomst van Lillo waarin de grootschalige Sigmawerken een plek krijgen en de kwaliteiten van Lillo behouden blijven voor zijn bewoners en bezoekers.